【MY.CNFでのログの値】

#接続ログ、コマンドなども見ることが出来る。(重くなるので、普段はコメント)
log=/usr/local/mysql/data/servername_com.log
#処理の遅いクエリーを見つける。(ここでは、3秒以上)
long_query_time=3
log_slow_queries=/usr/local/mysql/data/slow_query.log
# indexを利用していないクエリーをslog logの中に記録する。
log_queries_not_using_indexes
# バイナリーコマンドログ。(Replicationには必須: mysqlbinlogコマンドで読める)
log-bin=mysql-bin

※log_queries_not_using_indexes に関しては、Slow_Queriesログの中にログを書き込みます。

【DB側で設定確認】
mysql> show variables like ‘log%’;
+———————————+———————————————-+
| Variable_name | Value |
+———————————+———————————————-+
| log | OFF |
| log_bin | ON |
| log_bin_trust_function_creators | OFF |
| log_bin_trust_routine_creators | OFF |
| log_error | /usr/local/mysql/data/servername_com.com.err |
| log_output | FILE |
| log_queries_not_using_indexes | ON |
| log_slave_updates | OFF |
| log_slow_queries | ON |
| log_warnings | 1 |
+———————————+———————————————-+
10 rows in set (0.00 sec)

mysql>

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※ こんなGLOBALコマンドでも設定可能
set global log_queries_not_using_indexes = ON;
set global log_queries_not_using_indexes = OFF;

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その他のオプション
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■log_bin_trust_function_creators
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.1/ja/stored-procedure-logging.html
■log_bin_trust_routine_creators
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.1/ja/news-5-1-8.html
■log_slave_updates
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.1/ja/server-system-variables.html
■log_warnings
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.1/ja/error-log.html

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