my.cnf読み込み順 
※my.cnfの読み込み順は、バージョンによって異なるようです。
同じ設定が複数のファイルに記述されていた場合は後から読まれた
設定によって上書きされます。

MYSQL4.1まで
1. /etc/my.cnf
2. データディレクトリ/my.cnf
3. –defaults-extra-file=オプションに指定されたファイル
4. ~/.my.cnf

MYSQL5.0から
1. /etc/my.cnf
2. $MYSQL_HOME環境変数に指定されるディレクトリにあるmy.cnf
3. –defaults-extra-file=オプションに指定されたファイル
4. ~/.my.cnf
5. ./configure –sysconfdir=で指定されるディレクトリーにあるmy.cnf

■ –sysconfdir=は、5.0.21から追加された検索パスなので、バージョンが
 低いMYSQLに関しては無効になります。

■Windows版のMYSQLの設定ファイルの読み込み順はまた別になります。

mysql Ver 14.14 Distrib 5.1.30, for pc-linux-gnu (i686) using readline 5.1
Copyright 2000-2008 MySQL AB, 2008 Sun Microsystems, Inc.
This software comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY. This is free software,
and you are welcome to modify and redistribute it under the GPL license

Default options are read from the following files in the given order:
/etc/my.cnf /etc/mysql/my.cnf /usr/local/mysql/etc/my.cnf ~/.my.cnf
The following groups are read: mysql client
The following options may be given as the first argument:
–print-defaults Print the program argument list and exit
–no-defaults Don’t read default options from any options file
–defaults-file=# Only read default options from the given file #
–defaults-extra-file=# Read this file after the global files are read